История Аэропорта «Ейск» начинается в 1950-е годы, когда он был приписным аэропортом Краснодарского объединенного авиационного отряда, который выполнял пассажирские авиаперевозки на местных воздушных линиях по маршрутам Краснодар-Ейск-Краснодар, Краснодар-Приморско-Ахтарск-Ейск и обратно, Краснодар-Старощербиновская и обратно. Затем была открыта навигация на линии Ростов-на-Дону — Ейск — Ростов-на-Дону. С грунтовой полосы военного аэродрома Ейск полеты осуществлялись на самолетах Ан-2.

В 90-е годы аэропорт Ейск был закрыт из-за недостаточного финансирования, и не работал в течение пяти лет. В мае 2000 года он был допущен к приему Ан-24 и Як-40, с марта 2006 г. — к приему Ту-134 и Як-42. В период 2000-2006 годов аэропорт Ейск принимал регулярные пассажирские рейсы авиакомпании «Карат» на самолетах типа Ан-24.

С июня 2009 года аэропортом «Ейск» управляет компания «Базэл Аэро».

Аэропорт допущен к эксплуатации самолетов российского и иностранного производства. На аэродроме имеются две ИВПП, а также ГВПП, которые являются объектами совместного базирования авиации Министерства обороны и Министерства транспорта РФ. Пропускная способность аэропорта — 60 пассажиров в час.

В аэропорту базируется авиакомпания «ЮгЛайн», эксплуатирующая самолёты Ан-2. Ее самолетный парк насчитывает пятнадцать единиц. В 2010 году появились регулярные рейсы в Москву авиакомпании «Ютэйр», которая вместе с тем расширила географию полетов за счет трансферных рейсов, также до декабря увеличилась продолжительность летного сезона.

В 2010 году пассажиропоток в аэропорту «Ейск» составил 15 400 пассажиров.

В настоящее время аэропорт «Ейск» закрыт на реконструкцию взлетно-посадочной полосы, которая ведется по заказу Минобороны РФ.